Активна фаза бойових дій тривала з 1999 по 2009 рік, потім, у міру встановлення контролю Збройними силами Росії над територією Чечні, перейшла у відання місцевих чеченських сил самоврядування і самооборони. З 0 години 16 квітня 2009 року режим КТО скасовано.
Контртерористична операція (КТО) на території Чечні була оголошена незабаром після цього, у вересні 1999 року. Активна фаза бойових дій тривала до кінця лютого 2000 року і завершилася зі взяттям федеральними силами під контроль Шатойського району Чечні.
Загалом безповоротні втрати федеральних сил становлять 5732 людини, зокрема 3860 військовослужбовців Збройних Сил РФ і 1872 людини від МВС та інших відомств.
Війна спочатку проводилася під гаслом мінімальних втрат, і до штурму Грозного кількість втрат була відносно невеликою. Згідно з офіційними даними, з 1 жовтня 1999 року до 23 грудня 2002 року загальні втрати федеральних сил (усіх силових структур) у Чечні становили 4572 людини вбитими і 15 549 пораненими.