При внутрішньовенному застосуванні оптимальна тривалість лікування становить 7-10 днів, після чого терапію продовжують пероральними антикоагулянтами (рекомендується призначати пероральні антикоагулянти, починаючи вже з 1 дня лікування гепарином натрію або з 5 по 7 день, а застосування гепарину натрію припинити на 4-5 день.
при регулярних внутрішньовенних ін'єкціях призначають по 5000-10000 МО гепарину кожні 4-6 год; при підшкірному введенні вводять кожні 12 годин по 15000-20000 МО або кожні 8 годин по 8000-10000 МО.
Для профілактики тромбоемболії гепарин вводять по 5000 ОД підшкірно 1-2 рази на добу в перед-і післяопераційний період. При масивних тромбозах легеневої артерії препарат вводять краплинно в дозі 40 000-60 000 ОД протягом 4-6 годин, потім переходять на внутрішньом'язове введення по 40 000 ОД на добу.