Дорослим та дітям старше 6 років по 2-3 краплі у кожний носовий хід 3 рази на день. Дітям від 3 до 6 років: по 1-2 краплі в кожну ніздрю 3 рази на день протягом 5-7 днів. Основна дія препарату виявлятиметься лише через 2-3 дні після першого використання.
Для протаргола характерна і деяка судинозвужувальна дія, що сприяє зменшенню набряклості слизової та закладеності носа.
Протаргол застосовується лише місцево. Згідно з інструкцією, дозволяється закопувати краплі препарату в ходи вух та носа.
Механізм дії протарголу заснований на тому, що іони срібла на пошкодженій слизовій оболонці беруть в облогу білки і утворюють захисну плівку. При цьому знижується чутливість, звужуються кровоносні судини (це призводить до зменшення набряку) та пригнічується запальний процес.