Тефлон біологічно інертний, тобто не входить у хімічні реакції з іншими сполуками в організмі. Це означає, що він не може нашкодити клітинам і тканинам, навіть якщо його проковтнути.
За своєю хімічною стійкістю перевершує всі відомі синтетичні матеріали та благородні метали. Руйнується розплавами лужних металів, фтором та трифторидом хлору.
Він виводиться з організму без наслідків. При виробництві тефлонових виробів для стабілізації емульсій використовують фторовані поверхнево-активні речовини, зокрема перфтороктанову та перфтороктансульфонову кислоти. Вони дійсно токсичні, канцерогенні і повільно виводяться з організму.