У середині XVI ст. Лівонській війни орден зазнав ряду поразок від російських військ, після чого за Віленським договором 1561 року припинив своє існування.
У 1561 році магістр Готхард Кетлер визнав короля польського і великого князя литовського Сигізмунда II серпня правителем Лівонії, і Лівонський орден зник зі сторінок політичної історії.
Олександр Невський У 1242 Олександр Невський (на той час Новгородський князь) одержав перемогу над лицарями Лівонського ордену у битві біля Чудського озера ("Льодове побоїще"), був укладений мир з Лівонією за умов її відмовитися від претензій на російські землі.