У баку відбувається процес компостування: торф'яний наповнювач вбирає більшу частину рідини, а основна маса відходів перетворюється на вуглекислий газ і водяну пару. Вони випаровуються через витяжну вентиляцію, якою обладнані всі моделі компостуючих біотуалетів.
Біотуалет працює на основі санітарних рідин, що переробляють тверді відходи в однорідну масу без запахів. Рідина працює протягом 10 днів. Після закінчення цього терміну біотуалет необхідно очистити.
Важливо пам'ятати про те, що хімічна активність зеленої рідини не нескінченна за часом – через 10-14 днів вона втрачає свої властивості, тому нижній бак біотуалету (навіть якщо він дуже об'ємний) потрібно спорожняти кожні два тижні.