Фактично, з 1585 року, 13 із 14 років правління Федора Іоанновича – Росією правив Борис Годунов.
Ситуація ускладнювалася тим, що багато хто готовий був прийняти на віру слова лжеспадкоємця престолу. Градус народного невдоволення підвищувався, і Годунов не міг почуватися на троні впевнено. Ці обставини породили чутки про те, що цар зневірився і наклав на себе руки, уникнувши тим самим болісної насильницької смерті.
13 (23) квітня 1605 р. Борис Федорович Годунов за нез’ясованих обставин помер у себе в палаці Кремля. За офіційною версією, цар помер від апоплексичного удару. Його поховали в Архангельському соборі Кремля.
Останньому вдалося взяти гору, і вже через рік після вступу Федора на престол фактичним правителем країни став всемогутній боярин, з сестрою якого, Іриною Годуновою, був одружений російський цар.