Попадання мухи в шлунок людини не становить загрози здоров'ю. Шлунковий сік переробляє незвичайне джерело білка (настільки неприємний на вигляд) разом з іншою їжею. Людині складніше прийняти психологічно, що всередині її неохайна комаха.
Тяжкі кишкові міази викликають личинки сирної мухи та дрозофіли. Личинки сирної мухи (Piophila casei) при попаданні в кишечник разом із зараженими ними продуктами, тривалий час зберігають життєздатність і спричиняють утворення виразок кишкової стінки. Симптоми у своїй нагадують тиф.
Останні наукові дослідження підтвердили, що домашні мухи є переносниками безлічі хвороб, особливо збудників кишкових інфекцій (сальмонельозу, холери, тифу, дизентерії), яєць глистів, очних хвороб, туберкульозу, бактерії Helicobacter pylori, яка може провокувати гастрит, дуоденіт, виразку.
Кімнатна муха є переносником різних збудників небезпечних кишкових інфекцій (сальмонели, стафілококи, ротавіруси, шкідливі штампи Е. coli та ін.), а також яєць глистів, очних захворювань та туберкульозу. Переносить 351 тип бактерій.